指纹考勤系统分为两大部分，一部分是考勤签到程序，另一部分是考勤管理程序。签到程序主要用于员工日常考勤，包括指纹登记，并把员工的考勤记录到数据库中；管理程序主要进行有关考勤的各种设置，并按规则统计生成需要的报表。对税务机关来说，管理员只要定期到企业通过考勤系统导回考勤数据，打印考勤表，就能准确掌握福利企业残疾职工出勤率，为福利企业退税提供可靠依据。同时不定期对企业残疾人的指纹进行抽查核对，联合技术人员对指纹考勤系统进行巡检，保证考勤系统的安全稳定运行。同时，指纹考勤机使用方便，有利于企业日常考勤管理。在大大提高了税务机关的工作效率和征管质量的同时，也受到了企业的普遍欢迎。